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福建中醫藥大學附屬人民醫院(暨福建省人民醫院)創辦於1954年，是福建省人民政府創辦的首家公立醫院，也是福建省首家三級甲等綜合性中醫院。現有一大批的國務院特殊津貼專家、國醫大師、全國名中醫、全國“優才”等高層次專業技術人才。擁有眾多的全國臨床重點專科、中醫重點專科、學術流派傳承工作室、國醫大師傳承工作室、名中醫工作室、名老中醫傳承工作室等。蟬聯第四、五、六屆“全國文明單位”。
醫院1990年開診，建筑面積12.5萬㎡，編制床位1000張，員工1800名。擁有國醫大師楊春波、全國名中醫杜建、肖定遠等數十位知名中醫專家。有國家區域中醫診療中心培育單位1個，國家臨床重點專科2個，國家中醫藥管理局重點專科6個，福建省中醫重點專科11個，福建省高水平臨床醫學中心1個，福建省醫療“創雙高”項目-省級臨床重點專科建設項目5個。
福建中醫藥大學附屬第三人民醫院（福建省第三人民醫院）是集預防、醫療、康復和教學、科研為一體的省屬公立三級甲等中醫醫院，醫院學科專科特色鮮明，形成了以“中醫藥特色為基礎，中醫健康管理為主導，腦病康復為骨干，危急重症救治為保障”的“四張名片”，以優質醫療服務努力守護福州地區衛生健康的“西大門”。
建中醫藥大學附屬康復醫院是一所集醫療、教學、科研為一體的三級甲等康復專科醫院，成立於2012年6月，現有湖東、濱海兩個院區，編制床位750張，是國家中醫藥管理局區域中醫診療中心（康復）、國家中醫藥管理局中醫康復中心。
福建省中藥科學院創建於1957年，系省屬公益類中醫藥科研事業單位，主要開展中醫藥基礎與臨床研究，開發山海藥物資源，開展中醫藥對外交流等工作。附設綜合門診部和中醫門診部，匯集了一批國家級、省級名老中醫。擁有福建省青草藥開發服務中心、省級產學研合作示范基地、省級中醫藥技術轉移中心、省中醫藥文化宣傳教育基地等30多個平台。
福建中醫藥大學國醫堂門診部始建於1987年，是福建中醫藥大學直屬非營利性醫療機構。現已開設18個專病專科和中醫臨床特色診療科室，既薈萃了一批學術素養深厚、臨床經驗豐富的國家級、省級名老中醫和知名專家，又雲集了一大批學有所成、術有專攻的名老中醫師承弟子和中青年專家、醫學碩士博士。多年來，依托學校強大的人才、技術及資源優勢，打造了“純中醫”臨床診療模式，成為學校名師帶徒、學生實訓、中醫藥學術傳承，集醫療、教學、科研、康復、健康管理為一體的富有影響力的中醫藥臨床基地。
福州市中醫院（福州市人民醫院）始建於1947年，為公立三甲綜合性中醫醫院，系福建中醫藥大學非行政隸屬附屬醫院、國家中醫特色重點醫院項目單位、公立醫院高質量發展省級示范試點醫院。鼓樓院區編制床位600張，五四北院區（在建）規劃編制床位600張。
福州市第一總醫院是一家三級甲等綜合醫院，先后榮獲全國文明單位、全國敬老文明號等多項榮譽，是全國中醫藥工作示范單位、中西醫協同“旗艦”科室項目建設單位，現已初具“一院多區”規模，是福州市第一醫院醫療聯合體、兒童專科醫聯體、皮膚專科醫聯體及口腔專科醫聯體的牽頭單位，是福建省規模最大、輻射范圍最廣的醫療聯合體單位。
醫院始建於1866年，是福州市建院最早的西醫醫院，擁有2個國家級、11個省級重點專科，連續5年獲全國三級公立醫院績效考核A級，年收治住院患者6萬人次，手術量3.1萬人次，目前為全省最大的骨科專科中心，位居華東地區乃至全國前列。
福建醫科大學孟超肝膽醫院是一所集醫、教、研和新技術研發於一體的精專科強綜合三甲醫院，是福建省肝膽醫學中心、福建省感染病診療中心和質控中心。現有西洪和金山2個院區，在肝癌及膽胰腫瘤綜合治療、肝膽胰微創治療、肝移植、病毒性和非病毒性肝病綜合治療、新發輸入型感染病等防治方面形成特色。
