福建中医药大学附属人民医院(暨福建省人民医院)创办于1954年，是福建省人民政府创办的首家公立医院，也是福建省首家三级甲等综合性中医院。现有一大批的国务院特殊津贴专家、国医大师、全国名中医、全国“优才”等高层次专业技术人才。拥有众多的全国临床重点专科、中医重点专科、学术流派传承工作室、国医大师传承工作室、名中医工作室、名老中医传承工作室等。蝉联第四、五、六届“全国文明单位”。
医院1990年开诊，建筑面积12.5万㎡，编制床位1000张，员工1800名。拥有国医大师杨春波、全国名中医杜建、肖定远等数十位知名中医专家。有国家区域中医诊疗中心培育单位1个，国家临床重点专科2个，国家中医药管理局重点专科6个，福建省中医重点专科11个，福建省高水平临床医学中心1个，福建省医疗“创双高”项目-省级临床重点专科建设项目5个。
福建中医药大学附属第三人民医院（福建省第三人民医院）是集预防、医疗、康复和教学、科研为一体的省属公立三级甲等中医医院，医院学科专科特色鲜明，形成了以“中医药特色为基础，中医健康管理为主导，脑病康复为骨干，危急重症救治为保障”的“四张名片”，以优质医疗服务努力守护福州地区卫生健康的“西大门”。
福建中医药大学附属康复医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等康复专科医院，成立于2012年6月，现有湖东、滨海两个院区，编制床位750张，是国家中医药管理局区域中医诊疗中心（康复）、国家中医药管理局中医康复中心。
福建省中药科学院创建于1957年，系省属公益类中医药科研事业单位，主要开展中医药基础与临床研究，开发山海药物资源，开展中医药对外交流等工作。附设综合门诊部和中医门诊部，汇集了一批国家级、省级名老中医。拥有福建省青草药开发服务中心、省级产学研合作示范基地、省级中医药技术转移中心、省中医药文化宣传教育基地等30多个平台。
福建中医药大学国医堂门诊部始建于1987年，是福建中医药大学直属非营利性医疗机构。现已开设18个专病专科和中医临床特色诊疗科室，既荟萃了一批学术素养深厚、临床经验丰富的国家级、省级名老中医和知名专家，又云集了一大批学有所成、术有专攻的名老中医师承弟子和中青年专家、医学硕士博士。多年来，依托学校强大的人才、技术及资源优势，打造了“纯中医”临床诊疗模式，成为学校名师带徒、学生实训、中医药学术传承，集医疗、教学、科研、康复、健康管理为一体的富有影响力的中医药临床基地。
福州市中医院（福州市人民医院）始建于1947年，为公立三甲综合性中医医院，系福建中医药大学非行政隶属附属医院、国家中医特色重点医院项目单位、公立医院高质量发展省级示范试点医院。鼓楼院区编制床位600张，五四北院区（在建）规划编制床位600张。
福州市第一总医院是一家三级甲等综合医院，先后荣获全国文明单位、全国敬老文明号等多项荣誉，是全国中医药工作示范单位、中西医协同“旗舰”科室项目建设单位，现已初具“一院多区”规模，是福州市第一医院医疗联合体、儿童专科医联体、皮肤专科医联体及口腔专科医联体的牵头单位，是福建省规模最大、辐射范围最广的医疗联合体单位。
医院始建于1866年，是福州市建院最早的西医医院，拥有2个国家级、11个省级重点专科，连续5年获全国三级公立医院绩效考核A级，年收治住院患者6万人次，手术量3.1万人次，目前为全省最大的骨科专科中心，位居华东地区乃至全国前列。
福建医科大学孟超肝胆医院是一所集医、教、研和新技术研发于一体的精专科强综合三甲医院，是福建省肝胆医学中心、福建省感染病诊疗中心和质控中心。现有西洪和金山2个院区，在肝癌及胆胰肿瘤综合治疗、肝胆胰微创治疗、肝移植、病毒性和非病毒性肝病综合治疗、新发输入型感染病等防治方面形成特色。
